Les conditions dans ce filtre sont aérobies, c'est à dire en présence d'oxygène, du fait de l'alimentation par bâchée permettant un ressuyage des filtres.
Les interstices entre les grains consituant le substrat sont alors remplacés par de l'air. Cela permet les procesus de biodégradation aérobie, agissant sur la pollution dissoute. Par ailleurs, cette aération permet la nitrification, c'est à dire la transformation de produits ammoniaqués et de l'ammoniac en nitrite et en nitrate. Cette aération jusqu'au fond du massif est facilitée par des prises d'air au niveau du réseau de drainage par le biais des cheminées d'aération.
Les matières en suspension (MES) sont alors arrêtées d'abord par effet tamisage en surface du filtre pour la majeure partie puis par filtration dans la masse au sein du filtre.
A cette action mécanique de filtration s'ajoute une part de biodégradation de la partie dissoute. Cette biodégradation est réalisée par le biofilm (amas de microflore) présent au sein du filtre et dont la présence est entretenue et facilitée par la rhizosphère des macrophytes.
